由于其固有的可萃取物含量低，尼龙膜针式过滤器通常用于过滤要进行HPLC分析的样品。
尼龙膜针式过滤器可能并不适用于所有样品，并且是接近中性pH水溶液和相容的非水溶剂的理想选择。对于由酸和碱组成的样品，可以考虑使用亲水性PTFE膜针头过滤器和PES膜针头过滤器。
对于由与尼龙不兼容的非水溶剂组成的样品，可以考虑使用PTFE膜针式过滤器和聚丙烯膜注射器过滤器。
对于含有蛋白质或感兴趣的类似大有机分子的水性样品，注射器过滤器应含有固有蛋白质结合特性低的膜，例如醋酸纤维素（CA），